科学家本（ZachGalifianakis饰）隶属于美国政府某个秘密部门，它通过（tōng guò）高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们（tā men）培养成特工人员。然而，本的部门却面临（miàn lín）被FBI关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工（tè gōng）的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文（山姆（shān mǔ）·洛克威尔SamRockwell配音）下令，要它们潜入赛博林工业的（de）CEO罗纳德·赛博（BillNighy饰）的办公室，寻找罗纳德向中东国家出卖（chū mài）可用于军事的高科技芯片的证据。达尔文毫不（háo bù）怠慢，带着布拉斯特（崔西·摩根TracyMorgan配音）、华蕾斯（佩内洛普（pèi nèi luò pǔ）·克鲁兹PenélopeCruz配音）、苍蝇莫奇和斯贝克斯（尼古拉斯·凯奇NicolasCage配音（pèi yīn））等成员迅速展开行动。这群豚鼠特工队员体型（tǐ xíng）虽小，却身怀绝技，它们成功闯入罗纳德的办公室，并（bìng）下载到重要资料。然而，这场冒险才刚刚开始……